В завершающие дни Второй мировой войны пилот-камикадзе Коити Сикисима совершил посадку на острове Одо, где базировалась ремонтная служба японской императорской армии. Там же вечером на них обрушилась атака гигантского ящера, неведомо откуда появившегося, которого островитяне прозвали Годзиллой. Коити возвращается в Токио, лежащий в руинах после бомбардировок (его родители погибли, а от семейного дома остались лишь щепки), и пытается начать жизнь заново.
К нему присоединяется девушка, также утратившая свою семью, с младенцем, которого она спасла во время одного из авианалётов. Постепенно быт налаживается: Коити работает в группе по разминированию в Токийском заливе. Однако однажды их утлое деревянное судёнышко встречается с Годзиллой, который после ядерных испытаний на атолле Бикини превратился в ещё более громадное и свирепое чудовище.